Обновлен массив данных iNaturalist в GBIF: 16 июля

Дорогие друзья!

У нас повод ещё раз рассказать о публикации данных iNaturalist через Global Biodiversity Information Facility, а также (традиционно) о рейтинге России. Последний раз мы писали о GBIF-массиве iNaturalist 15 дней назад: https://www.inaturalist.org/posts/37986-obnovlen-massiv-dannyh-inaturalist-v-gbif-2-iyulya . Давайте посмотрим, как продвигаются наши дела, ведь 16 июля 2020 г. был обновлен массив данных iNaturalist, которые поступают в GBIF (https://doi.org/10.15468/ab3s5x).

Итак, многие из читателей нашего журнала уже знают, что данные (которые каждый из вас загружает на iNaturalist), достигшие исследовательского уровня и имеющие одну из трёх свободных лицензий (CC0, CC-BY, CC-BY-NC), экспортируются в GBIF (https://www.gbif.org/). Это единая точка доступа к 53,8 тысячам баз данных о биоразнообразии. Сейчас в GBIF 1,6 млрд записей, в т.ч. 17 752 235 штук из iNaturalist. В общей сложности, 60,5 млн записей в GBIF имеют сопутствующие изображения, видеофайлы или аудио.

Hi all, this is a traditional overview of the activity of the Russian iNat-community in accumulation of GBIF-mediated data. iNaturalist data that reaches research grade and has one of three free licenses (CC0, CC-BY, CC-BY-NC) is exported to GBIF.

Если вы хотите что-то выгрузить из iNaturalist в табличном виде, то, прежде всего, появится вот такое сообщение: "Большие объёмы экспорта тормозят нашу инфраструктуру и усложняют для нас введение новых изменений. Следует рассмотреть другие источники. GBIF принимает большинство наших лицензированных наблюдений исследовательского уровня, и их инструменты экспорта превосходны. Экспорт GBIF также идет с doi, который вы можете указать, если публикуете исследования на основе данных, которые вы экспортируете, и эти ссылки чрезвычайно полезны для нас, поскольку они позволяют нам видеть, как используются данные iNat". Сейчас таких публикаций уже 713.

Any user can freely study all this data on the GBIF portal as well as download offline data of any size in the form of csv-downloads. The filters allow you to make sophisticated enquires and, in fact, browse better the electronic data on the biodiversity of a particular region.

Наблюдения из России, которые публикуются в iNaturalist, добавляются в GBIF тремя путями:
1) загрузка новых наблюдений (поле и архивы);
2) определение бэклога;
3) изменение пользователями настроек своих лицензий.

По противоположным причинам наблюдения могут быть автоматически отозваны из GBIF:
1) наблюдение удалено пользователем из iNaturalist;
2) наблюдение с исследовательским уровнем лишилось его (было переопределено);
3) пользователь поставил жёсткую лицензию для всех своих фотографий;
4) наблюдению присвоен статус "обыкновенное" (по разным причинам).

Данных из России в GBIF без малого 5 миллионов. Вот, какие источники являются крупнейшими:

1. iNaturalist Research-grade Observations 705 146
2. Moscow University Herbarium (MW) 623 474
3. RU-BIRDS.RU, Birds observations database from Russia and neighboring regions 367 091
4. EOD - eBird Observation Dataset 282 227
5. Geographically tagged INSDC sequences 195 599
6. Locations of plants on dot distribution maps in the Flora of Siberia (Flora Sibiraea, 1987–1997) 169 854
7. A grid-based database on vascular plant distribution in Vladimir Oblast, Russia 123 054
8. Finnish Floristic Database (Finnish Museum of Natural History Collections) 106 057
9. Birds of Northern Eurasia 86 992
10. Chronicle of Nature - Phenology of Plants of Zhiguli Nature Reserve 86 524

Таким образом, iNaturalist является топ-поставщиком данных о биоразнообразии нашей страны, занимает долю 14,1% и эта доля постоянно растёт.

Как обычно: догонялки. Для кого-то это самое интересное. Именно в GBIF легко и просто посмотреть насколько активны пользователи iNaturalist разных стран мира. Все мы видим борьбу регионов в зачетах "Флоры России" и в Кубке. Все наши данные идут в зачёт России в мировом рейтинге и очень здорово влияют, прежде всего, на репутацию нашей страны в профессиональном научном мире. Чтобы было интереснее, мы поставили себе на это лето три цели.

*** Цель 1: второе место в мире по наблюдениям сосудистых растений ***

1. United States of America 3 637 631
2. Canada 546 297
3. Russian Federation 452 755
4. New Zealand 253 213
5. South Africa 230 202
6. Mexico 225 016
7. United Kingdom 161 266
8. Germany 109 392
9. Australia 109 051
10. Taiwan 98 894

Пока мы занимаем третье место в мире, уступая Канаде 93,5 тыс. наблюдений (две недели назад было 113,4 тыс.). Отставание сокращается на 10 тыс. каждые семь дней! Но если, например, все пользователи портала "Флора России" решили бы перейти на открытые лицензии, то этот отрыв уже бы был преодолен. Прогноз: если не летом, то в сентябре Канаду мы догоним и выйдем таки на второе место. УЧАСТВУЮТ: наблюдения сосудистых растений с территории России исследовательского уровня с лицензиями CC0, CC-BY, CC-BY-NC.

*** Цель 2: третье место по наблюдениям всех организмов ***

С Мексикой у нас идёт борьба в общем зачёте (по всем наблюдениям всех групп живых организмов, которые попадают из iNaturalist в GBIF) за третье место. Итак, сейчас отрыв от Мексики примерно 143 тыс. наблюдений (две недели назад было 189 тыс.). Там сейчас летняя засуха, поэтому наблюдений будет поступать до весны относительно немного.

1. United States of America 9 421 780
2. Canada 1 422 920
3. Mexico 848 492
4. Russian Federation 705 146
5. Australia 621 849
6. New Zealand 475 805
7. South Africa 416 426
8. United Kingdom 395 179
9. Germany 302 986
10. Italy 258 912

Прогноз: при том же сокращении разрыва на 20 тыс. наблюдений в неделю через 7-8 недель мы выйдем на третье место. Впрочем, темпы роста наблюдений из России в конце лета тоже немножко замедляются. УЧАСТВУЮТ: наблюдения всех организмов с территории России исследовательского уровня с лицензиями CC0, CC-BY, CC-BY-NC.

*** Цель 3: первое место по наблюдениям сосудистых растений (в зачёте по месяцам) ***

Эта цель всё ещё кажется нереальной. Обогнать США? Родину iNaturalist? Пусть даже на месячной отметке и только по сосудистым растениям исследовательского уровня. Но... Давайте смотреть на цифры. Немного истории: немногие помнят, но каждый раз по итогам месяца в мае, июне, июле, августе и сентябре 2019 года Россия занимала третье место по сосудистым растениям, уступая США и Канаде. В этом году мы стабильно вторые.

Вот данные за июнь 2020 г.:

1. United States of America 147 824
2. Russian Federation 93 930
3. Canada 39 933
4. United Kingdom 14 603
5. Germany 11 270

А вот за июль 2020 г.:

1. United States of America 32 829
2. Russian Federation 20 095
3. Canada 11 866
4. Germany 2 762
5. United Kingdom 2 444

В этот раз мы уступаем США в 1,57 раза (июнь) и 1,63 раза (июль). Пока оставание стабильно. Посмотрим, что будет дальше, но отрадно то, что в этом сезоне мы явно стали вторым по мощности национальным ботаническим сообществом iNaturalist. УЧАСТВУЮТ: свежие полевые наблюдения 2020 г. сосудистых растений с территории России исследовательского уровня с лицензиями CC0, CC-BY, CC-BY-NC.

Всем спасибо! Каждому спасибо!

Хотите поучаствовать в этих догонялках? Нет ничего проще! Каждый пользователь может зайти в личный кабинет (только на сайте, ведь в приложении этой функции нет) и поставить/поменять лицензию. У наблюдений, которые не идут в GBIF, стоит в паспорте наблюдений пометка "Все права защищены" (справа внизу), а у тех, что идут - "Некоторые права защищены". К сожалению, в приложениях по умолчанию стоит "All rights reserved", что запрещает использовать ваши данные даже в научных целях и передавать их в GBIF.

Вот пошаговая инструкция для придания вашим наблюдениям статуса "открытые данные":
1) зайдите через компьютер или интернет-браузер смартфона на сайт iNaturalist.org
2) залогиньтесь и зайдите в раздел "Настройки учётной записи" (по стрелке в правом верхнем углу рядом с вашим аватаром)
3) пролистайте до раздела "Лицензирование"
4) в разделах "Лицензия наблюдения по умолчанию", "Лицензия фото по умолчанию", "Лицензия аудио по умолчанию" проставьте одну из первых трёх лицензий: CC0, CC-BY, CC-BY-NC
5) обязательно поставьте три галочки "Обновить существующие наблюдения (фото, аудио) новыми вариантами лицензий", чтобы лицензия обновилась на всех загруженных прежде фотографиях
6) в конце страницы нажмите синюю кнопку "Сохранить"

Итак, в GBIF-зачет попадают не все наблюдения, а только те, что достигли "Исследовательского уровня" и имеют свободную лицензию - CC0, CC-BY или CC-BY-NC. Успех нашей страны в GBIF/iNaturalist во многом связан с активностью профессиональных ученых, которые подтверждают находки (а, зачастую, и публикуют на iNaturalist свои данные) и разумностью пользователей, которые в личных кабинетах на сайте поставили для своих наблюдений свободные лицензии, а, значит, такие наблюдения могут использоваться научным сообществом.

P.S. Вот пользователи, которые внесли максимальный вклад за последние 15 дней в проект "Флора России" и используют при этом открытые лицензии: ссылка.

Publicado el 17 de julio de 2020 a las 05:08 AM por apseregin